北京协和医学院是首批具有博士学位和硕士学位授予权的单位，是国务院学位委员会自行审核博士学位授权一级学科点和硕士学位授权一级学科点的委托学位授予单位。现有一级学科国家重点学科2个，二级学科国家重点学科8个，三级学科国家重点学科2个，国家重点培育学科1个。
所院作为北京协和医学院的下属二级所院，现有双一流学科临床医学、药学、生物学，一级学科国家重点学科（2个）、二级学科国家重点学科（2个）。2012年，院校依托所院成立干细胞与再生医学系，在临床医学学科中设立干细胞与再生医学专业，属国内首创。所院目前设有6个硕士点，5个博士点，拥有博士生导师37人，硕士生导师44人。
一级学科国家重点学科（2个）生物学、药学
二级学科国家重点学科（2个）免疫学、内科学
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